Аль-Кинди работает в багдадском Доме мудрости — учреждении, где по заказу халифов группа переводчиков превращает греческое философское и научное наследие в арабские тексты, спасая тем самым для мировой культуры многое из того, что иначе могло бы просто затеряться в веках.
Сам Аль-Кинди редактирует эти переводы и пишет собственные трактаты, пытаясь примирить учение Аристотеля и неоплатоников с исламским богословием. Многие современные ему богословы относятся к самой идее подобного примирения крайне подозрительно: зачем правоверному мусульманину вообще нужна греческая, языческая по происхождению мудрость, если весь необходимый свет уже дан в Коране?
Аль-Кинди отвечает на это методично и без раздражения: истина есть истина независимо от того, откуда именно она пришла — от собственного народа или от чужого, от единоверца или от иноверца. Стыдиться признания истины и её усвоения, откуда бы она ни исходила, недостойно человека, ищущего знания, — это его собственная, часто цитируемая формулировка.
При дворе халифа Мутаваккиля политический климат меняется — к власти приходят более консервативные богословские круги, философия попадает в опалу. По одной из версий, у Аль-Кинди отбирают личную библиотеку, а самого его подвергают унизительной публичной порке за приверженность греческой учёности.
Он тем не менее продолжает писать до конца жизни — оставляет после себя, по разным подсчётам, более двухсот пятидесяти трактатов, от философии до математики, от медицины до теории музыки. Первый философ арабо-мусульманской традиции прокладывает дорогу, по которой позже пройдут Аль-Фараби, Ибн Сина, Ибн Рушд, — расплачиваясь за первый шаг собственной унизанной библиотекой и содранной кожей.