Роджер Бэкон убеждён: подлинное знание о природе достигается не одним лишь чтением древних авторитетов и логическими силлогизмами, а прямым опытом — наблюдением, измерением, повторяемым экспериментом. Он изучает оптику, ставит опыты с линзами и зеркалами, интересуется алхимией, составляет собственные вычисления календаря, заметно точнее принятого в его время.
Он пишет папе Клименту IV — по личной просьбе того же папы — обширный труд «Opus Majus», настаивая на реформе всего университетского образования именно в сторону математики и опытной науки. Папа успевает прочитать едва ли малую часть присланного, прежде чем умирает сам.
Собственный орден францисканцев смотрит на Бэкона со всё большим подозрением. Слишком много интереса к алхимии и оккультным материям на грани дозволенного. Слишком резкая, нескрываемая критика коллег-богословов, которых он прямо называет невеждами, годными разве что пасти свиней, а не преподавать в университетах.
Около 1278 года орденское начальство официально осуждает его учение как содержащее «подозрительные новшества» и заключает под домашний арест на долгие годы — по разным оценкам, от десяти до пятнадцати лет.
Именно человек, требовавший ставить опыт выше слепого доверия авторитету, на собственном горьком опыте узнаёт: авторитет, почувствовавший угрозу, наказывает за само сомнение куда охотнее, чем занимается проверкой фактов.
Бэкон умирает вскоре после освобождения — прощённый, но так и не увидевший при жизни университетской реформы, за которую заплатил добрым десятком потерянных лет собственной жизни.