В Базель Парацельса позвали в 1527 году. Место городского врача с правом читать в университете он получил после того, как вылечил ногу издателю Фробену, у которого хирурги собирались её отнять. За него хлопотал и Эразм, живший тогда в том же доме.
Дальше он сделал две вещи, каких не делал никто.
Он объявил лекции по-немецки, а не по-латыни. И вывесил на дверях программу, где сказано, что учить будет не по Галену и Авиценне, а по собственному опыту, ибо не звания делают врача, а знание.
24 июня, в Иванову ночь, когда студенты по обычаю жгли костры, в огонь полетели медицинские книги. Обычно называют «Канон» Авиценны.
Свидетельства об этом поздние, и часть исследователей считает случай позднейшим украшением. Программа на дверях и лекции по-немецки задокументированы твёрдо.
Продержался он в Базеле неполный год. Каноник Корнелий фон Лихтенфельс, вылеченный им, отказался платить обещанное. Суд встал на сторону каноника; Парацельс выругался в адрес суда печатно и бежал из города в феврале 1528 года.
Дальше он скитался по немецким и австрийским землям до самой смерти в Зальцбурге в 1541 году.
Основой тел он считал три начала: серу, ртуть и соль. Слово «цинк» ввёл в оборот он. Он же первым описал болезни горняков как происходящие от их работы, а не от горных духов.
Правило, которым его помнят, сформулировано в «Третьей защите» 1538 года.
Всё есть яд, и ничто не лишено ядовитости; одна только доза делает вещество неядовитым.