Гипатия была дочерью Теона Александрийского — последнего человека, о котором известно, что он состоял при александрийском Мусейоне.
Работали они вместе. В рукописях комментария Теона к третьей книге «Альмагеста» стоит помета, что это издание выправлено философом Гипатией, его дочерью. Кроме того, ей приписывают комментарии к «Арифметике» Диофанта и к «Коническим сечениям» Аполлония.
Ни один её текст целиком не сохранился.
Преподавала она платоновскую философию открыто, и слушателями её были и язычники, и христиане. Один из них, Синесий Киренский, стал епископом и до смерти писал ей письма.
Ситуация в городе была политической. Префект Орест враждовал с епископом Кириллом; Гипатия держала сторону префекта, и её положение при нём было известно.
Дамаский, писавший через сто лет, сообщает, что Кирилл, проезжая мимо её дома и увидев толпу у дверей, позавидовал.
В марте 415 года толпу возглавил чтец Пётр. Гипатию стащили с повозки, притащили в церковь Кесарион и убили черепками; тело сожгли за городом.
Описывает это Сократ Схоластик — христианский историк, писавший вскоре после событий. Он заключает, что дело принесло величайший позор и Кириллу, и всей александрийской церкви.
Название сцены надо оговорить. Библиотеки Александрии к тому времени уже давно не существовало; Мусейон, по-видимому, тоже угас. Гипатия преподавала у себя дома.
Оговорить надо и другое. Убили её не за занятия математикой: убийство было эпизодом городской смуты, где сошлись епископ, префект, монахи из пустыни и уличные партии.