Декарт всю жизнь работал в постели. Вставал он поздно, и первые часы после пробуждения, проведённые лёжа, считал лучшими для мысли. В иезуитской школе Ла-Флеш ему по слабости здоровья разрешали не подниматься к общему подъёму, и привычку эту он сохранил.
Осенью 1649 года он приехал в Стокгольм по приглашению королевы Кристины. Уговорил его Шаню, французский посланник и давний корреспондент.
Дальнейшее известно в основном по жизнеописанию Байе, вышедшему через сорок лет. Там сказано, что Кристина назначила занятия на пять утра, трижды в неделю, в дворцовой библиотеке. Ехать туда Декарту приходилось в карете по морозу. Байе писал по бумагам и рассказам и склонен был к драматизации, так что подробности эти оспаривают. Сама зима 1649 года, по свидетельствам, была в Швеции необычайно суровой.
В начале февраля 1650 года он слёг с воспалением лёгких. Умер он одиннадцатого февраля, пятидесяти трёх лет.
В 2009 году немецкий исследователь предположил отравление мышьяком и указал на возможный мотив в католической миссии при дворе. Доказательств нет, и версия осталась спорной.
Похоронили его в Стокгольме, на кладбище для некрещёных младенцев, — как католика в лютеранской стране. Через шестнадцать лет останки перевезли в Париж. Череп при этом пропал и всплыл в Швеции полтора столетия спустя, с надписями прежних владельцев. Сейчас он в парижском Музее человека, отдельно от остального.