После раскрытия заговора Пизона в 65 году Нерон арестовывает многих людей сразу — в том числе тех, кого лишь подозревает в опасном влиянии на умы окружающих, без прямых доказательств участия в самом заговоре. Мусоний Руф в заговоре не участвует вовсе, но известен как человек, воспитывающий независимо мыслящих людей вокруг себя. Этого оказывается вполне достаточно для ареста.
Его заключают под стражу. Позже высылают из Рима.
Детали того, как именно он держится в заключении, расходятся в разных источниках. Но общий тон описаний устойчив: он не просит о снисхождении, не апеллирует к влиятельным связям, которых у него, возможно, и не было в достатке. Просто ждёт исхода без лишних слов.
Мусоний дважды подвергается изгнанию при разных императорах за годы. Между двумя изгнаниями возвращается в Рим и снова учит, как ни в чём не бывало. Это не героизм в театральном, показном смысле слова — это просто продолжение того же самого образа жизни, невзирая на перерывы.
Ему приписывают фразу: философ должен упражняться переносить холод, жару, жажду, голод, скудное ложе, избегать лёгких удовольствий и терпеть неизбежные страдания без жалоб. Это целая программа действий. В тюрьме при Нероне он проходит её на практике, а не просто формулирует для учеников.
Когда Нерон наконец умирает, Мусоний возвращается в Рим. Снова начинает учить желающих. Среди них появляется Эпиктет.