К середине двадцатых годов XVI века Эразму стало нельзя молчать. Лютер называл его своим предшественником, Рим требовал осуждения, обе стороны ссылались на его книги.
В 1524 году он написал «О свободе воли» — короткий разбор, где спорил с Лютером об одном пункте. Способен ли человек хоть в малой мере содействовать своему спасению.
Выбор пункта был обдуман. О злоупотреблениях в церкви Эразм писал всю жизнь и от написанного не отказывался. Он взял вопрос, где расходился с Лютером по существу, а не по церковной политике.
Тон он выбрал соответствующий. Он оговаривает, что не любит утверждений. Что предпочёл бы сомневаться там, где Писание темно. И что охотно подчинится решению церкви.
Лютер ответил через год трактатом «О рабстве воли». Начал он с благодарности за выбор темы: остальные, писал он, хватали его за мелочи, а этот один взял за горло. Дальше шло около трёхсот страниц опровержения, и сомнение Эразма он назвал признаком человека, которому всё равно.
Эразм ответил ещё двумя книгами. Отношения кончились.
Католики его тоже не приняли. При жизни на него доносили в Париж и Лувен. В 1559 году, через двадцать три года после его смерти, папа Павел IV внёс его в «Индекс запрещённых книг». Не отдельные сочинения, а автора целиком — со всем написанным, включая переводы и издания отцов церкви.